第二局PK开始，争端依然是航企对于欧盟碳税缴纳与否。
2月6日，民航局发布国务院授权公告，称民航局于近日向各航空公司发出指令，未经政府有关部门批准，禁止中国境内各运输航空公司参与欧盟排放交易体系。
欧盟随即进行回复。英国《金融时报》称，欧盟回应称，仍然决心将所有在其27个成员国境内起降的航线纳入碳排放交易计划。并引用欧盟气候专员康妮·赫泽高(Connie Hedegaard)的话“我们不会退缩。中国的航空公司会遵守我们的法律。”并表示，欧盟“对此有信心”。
中国航协副秘书长柴海波则认为欧盟的这个回复很不客观。“我们国内航企当然首先遵守国内的政令。国务院委托民航局表达的立场再清晰不过。中国政府和国内航空界的原则立场绝对不会因为欧盟的回应就有所动摇。”
从今年1月1日起，欧盟开始正式对飞临欧洲的各国航班计算碳排放费。全球4000多家航空公司的国际航班只要是降落在欧盟区域内，都必须为碳排放付费。
在1月5日，中、欧双方已经有过一轮过招。
欧盟气候行动发言人艾塞克·法莱罗-拉德隆当天表示，作为最后一项措施，那些长期拒缴航空“碳税”的航空公司可能会面临被禁止使用欧洲机场的惩罚。并且不缴税的航空公司将面临每吨碳排放100欧元(约合130美元)的罚款。他说：“我们有信心航空公司会遵守规定，因为违规的代价会更高。”
中国航协则发表了呼吁中国航企坚持“三不策略”：即不参加欧盟碳排放交易体系，不向欧盟相关国家提供有多少航班等有关征收碳税的相关数据，不与欧盟谈判优惠条件。
国际航协飞行环境总监 Paul Steele接受采访时表示，非欧盟国家曾多次强烈表示他们作为主权国家的利益遭到欧盟的侵害和歧视。这一事实将不会因为时间流逝而发生改变。所有迹象表明，欧盟在2012/2013强行执行对非欧盟航空公司征税时，外交矛盾将会全面爆发。
归属于香港民航处管辖的国泰航空表示，虽然配合欧盟关于碳排放征费的要求，但对此政策表示强烈反对。反对欧盟向外国航空公司就碳排放征费。
一位国内航空界人士则表示，如果征收碳税，从国内出发，飞机满客飞欧洲每个客人单程将多付300元左右。
